🚀 OLS MCP 服务器
大语言模型在处理本体时表现不佳，常常会虚构术语或其标识符。本服务器提供了一种可靠的方式来访问和查询本体，确保信息准确且最新。
本仓库包含一个模型上下文协议（MCP）服务器，用于访问 本体查询服务（OLS） API。该服务器使 AI 助手能够从各种生物和医学本体中搜索和检索本体术语、概念和层次结构。
本服务器旨在与 Claude Desktop 等 AI 助手无缝协作，允许用户使用自然语言查询本体。它支持广泛的本体，包括基因本体（GO）、人类表型本体（HP）等等。
未启用（下图上半部分）和启用 mcp 服务器（下图下半部分）的对比：
✨ 主要特性
OLS MCP 服务器提供以下工具：
- 🔍 搜索术语：跨本体搜索术语，并支持灵活过滤
- 📚 搜索本体：发现可用的本体及其元数据
- ℹ️ 获取本体信息：检索特定本体的详细信息
- 🎯 获取术语信息：获取特定术语的全面详细信息
- 🌳 获取术语子项：查找本体层次结构中的直接子术语
- 👨👩👧👦 获取术语祖先：检索父术语和祖先
- 🤖 查找相似术语：使用大语言模型嵌入发现语义相似的术语
📦 安装指南
前提条件
- Python 3.12 或更高版本
- uv 包管理器
安装 uv（如果尚未安装）
# macOS/Linux
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
# Windows
powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
安装 OLS MCP 服务器
# 克隆仓库
git clone https://github.com/seandavi/ols-mcp-server.git
cd ols-mcp-server
# 安装依赖
uv sync
# 作为工具安装（可选）
uv tool install .
💻 使用示例
基础用法
在与 Claude Desktop 完成配置后，你可以使用自然语言与 OLS API 进行交互：
# 搜索术语
> "在人类表型本体中搜索与糖尿病相关的术语"
> "在基因本体中查找所有包含 '细胞凋亡' 的术语"
# 获取本体信息
> "告诉我关于基因本体的信息"
> "有哪些适用于化合物的本体？"
# 探索术语层次结构
> "展示基因本体中 '代谢过程' 术语的子项"
> "HP:0000118 的祖先术语有哪些？"
# 查找相似术语
> "在基因本体中查找与 '心脏发育' 相似的术语"
📚 详细文档
开发环境设置
- 克隆仓库：
git clonecd ols-mcp-server - 安装依赖：
uv sync --extra dev - 激活虚拟环境：
source .venv/bin/activate # macOS/Linux # 或者 .venv\Scripts\activate # Windows
代码质量
# 格式化代码
uv run ruff format
# 代码检查
uv run ruff check
# 类型检查
uv run mypy src/
添加新特性
- 在
src/ols_mcp_server/server.py中使用@mcp.tool()装饰器添加新工具 - 在
src/ols_mcp_server/models.py中创建模型以实现结构化响应 - 更新测试以覆盖新功能
- 根据需要更新文档
API 文档
服务器与 EBI 本体查询服务 API v2 进行交互。关键端点如下：
- 搜索：
https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/search - 本体：
https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/v2/ontologies - 术语：
https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/terms - 层次结构：
https://www.ebi.ac.uk/ols4/api/v2/ontologies/{ontology}/classes/{term}/children
🔧 技术细节
支持的本体
服务器可与通过 EBI 本体查询服务获取的任何本体协同工作，包括：
- GO（基因本体）
- EFO（实验因子本体）
- HP（人类表型本体）
- MONDO（君主疾病本体）
- ChEBI（生物相关化学实体）
- UBERON（超级解剖学本体）
- 还有更多...
🔧 故障排除
常见问题
- 未找到服务器：确保在你的 Claude 配置中服务器的路径正确
- 权限错误：确保服务器脚本可执行
- 网络错误：检查你的互联网连接和防火墙设置
- Python 版本：确保使用的是 Python 3.12 或更高版本
🤝 贡献指南
- 分叉仓库
- 创建功能分支：
git checkout -b feature-name - 进行更改
- 运行测试：
uv run pytest - 格式化代码：
uv run ruff format - 提交拉取请求
📄 许可证
文档中未提及许可证相关信息。
🙏 致谢
- EBI 本体查询服务 提供 API
- FastMCP 提供 MCP 框架
- 本体社区维护这些宝贵资源