Mcp_pride_archive_search

🚀 PRIDE 档案 MCP 搜索服务器

该项目实现了一个符合 模型上下文协议 (MCP) 的 API 服务器，为搜索 PRIDE Archive（一个主要的蛋白质组学数据仓库）提供了工具。它允许 AI 模型（例如 Claude 或其他与 MCP 兼容的大语言模型）通过结构化的函数调用，以编程方式与蛋白质组学数据集进行交互。

🚀 快速开始

本项目实现的 API 服务器，能助力 AI 模型与蛋白质组学数据集交互，为生物医学和蛋白质组学研究提供便利。

✨ 主要特性

• ✅ 由 FastMCP 驱动的 MCP 服务器，性能出色。
• 🔍 PRIDE 档案搜索工具，可依据关键字、提交日期、流行度等条件查询数据集。
• 🤖 对生物医学和蛋白质组学研究友好的 AI 工具，降低研究门槛。
• ⚡ 支持 http（SSE）和 stdio 连接模式，满足不同使用场景。
• 🛠️ 可通过添加更多工具轻松扩展，具备良好的扩展性。

📦 安装指南

克隆仓库并安装依赖项：

git clone https://github.com/PRIDE-Archive/mcp_pride_archive_search.git
cd mcp_pride_archive_search
poetry install  # 或 pip install -r requirements.txt

💻 使用示例

基础用法

使用您首选的连接类型（http 或 stdio）启动 MCP 服务器：

python -m mcp_pride_archive_search --connection_type http --port 9999

命令行参数：

🔧 技术细节

search_archive_tool(...)

从 PRIDE 档案数据库获取蛋白质组学数据集。

适用场景：

• 搜索蛋白质组学研究数据。
• 质谱数据集查询。
• 生物医学数据集探索（例如癌症相关）。
• 查找流行或特定的蛋白质组学项目。

🤝 与 LLM 的集成

此服务器适用于任何支持模型上下文协议的 LLM，包括：

• Anthropic Claude
• Google Gemini
• 开源 MCP 客户端
• 自定义 RAG 管道

🧠 架构概述

+---------------------+       工具调用        +-----------------------------+
|  Claude / Gemini AI |  <--------------------> | MCP PRIDE API 服务器        |
+---------------------+                         | - search_archive_tool()     |
| - server_status()           |
+-----------------------------+
|
v
+---------------------------+
| PRIDE 档案 REST API    |
| (https://www.ebi.ac.uk    |
|   /pride/ws/archive/      |
|  v3/search/projects)      |
+---------------------------+