UniProt

🚀 UniProt MCP 服务器

UniProt MCP 服务器是一个基于模型上下文协议（MCP）的服务器，它能够为 AI 助手提供直接从 UniProt 获取蛋白质功能和序列信息的能力，有效解决了 AI 助手获取蛋白质信息的难题，为相关研究和应用提供了便利。

🚀 快速开始

1. 确保安装了 Python 3.10 或更高版本。
2. 克隆此仓库：

   git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
   cd uniprot-mcp-server
   

3. 安装依赖项：

   # 使用uv（推荐）
   uv pip install -r requirements.txt
   
   # 或使用pip
   pip install -r requirements.txt
   

✨ 主要特性

• 精准查询：可通过 UniProt 访问号获取蛋白质信息。
• 批量检索：支持批量检索多个蛋白质的信息。
• 性能优化：带有 24 小时过期时间的缓存以提高性能。
• 稳定可靠：具备错误处理和日志记录功能。
• 信息丰富：提供的信息包括蛋白质名称、功能描述、完整序列、序列长度和生物体。

📦 安装指南

克隆仓库

git clone https://github.com/TakumiY235/uniprot-mcp-server.git
cd uniprot-mcp-server

安装依赖

# 使用uv（推荐）
uv pip install -r requirements.txt

# 或使用pip
pip install -r requirements.txt

💻 使用示例

基础用法

在配置好服务器的 Claude Desktop 中，您可以提出以下问题：

你能获取 UniProt 访问号 P98160 的蛋白质信息吗？

高级用法

对于批量查询：

你能并比较 P04637 和 P02747 两个 UniProt 访问号的蛋白质信息吗？

📚 详细文档

配置说明

将以下内容添加到 Claude Desktop 配置文件中：

• Windows：%APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json
• macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
• Linux：~/.config/Claude/claude_desktop_config.json

{
"mcpServers": {
"uniprot": {
"command": "uv",
"args": ["--directory", "path/to/uniprot-mcp-server", "run", "uniprot-mcp-server"]
}
}
}

API 参考

工具

1. get_protein_info
   • 功能：获取单个蛋白质的信息。
   • 必需参数：accession（UniProt 访问号）。
   • 示例响应：

     {
     "accession": "P12345",
     "name": "Test Protein",
     "function": "This is a test protein function.",
     "sequence": "MSRSLLLRFLLFLLLLPPLP",
     "length": 20,
     "organism": "Homo sapiens"
     }
     

2. get_proteins_info
   • 功能：批量获取多个蛋白质的信息。
   • 必需参数：accessions（UniProt 访问号的列表）。
   • 示例响应：

     [
     {
     "accession": "P12345",
     "name": "Test Protein 1",
     "function": "This is the function of test protein 1.",
     "sequence": "MSRSLLLRFLLFLLLLPPLP",
     "length": 20,
     "organism": "Homo sapiens"
     },
     {
     "accession": "QWERTY",
     "name": "Test Protein 2",
     "function": "This is the function of test protein 2.",
     "sequence": "MSRSLLLRFLLFLLLLPPLP",
     "length": 20,
     "organism": "Homo sapiens"
     }
     ]
     

开发说明

安装依赖项

pip install -r requirements.txt

运行服务器

python server.py

测试

使用提供的测试用例进行测试：

pytest tests/

🔧 技术细节

• 使用 Flask 构建 Web 界面。
• 使用 requests 库处理 API 请求。
• 使用 json 库解析和生成 JSON 数据。

错误处理

常见错误

1. 无效访问号：如果提供的 UniProt 访问号不存在，服务器将返回 404 错误。
2. 批量请求中包含无效访问号：服务器将忽略无效的访问号并返回有效的蛋白质信息。

贡献指南

如何贡献代码

1. fork 仓库。
2. 创建功能分支。
3. 提交更改。
4. push 到远程仓库。
5. 提交 pull request。

如何报告问题

• 提交 Issues 到 GitHub 仓库。

📄 许可证

本项目遵守 MIT 许可证 - 详细信息请参阅LICENSE文件。

致谢

• UniProt 提供蛋白质数据 API。
• Anthropic 提供模型上下文协议规范。
• 所有贡献者帮助改进此项目。