🚀 非官方 Reactome MCP 服务器 🧬
这是一个用于访问 Reactome 通路和系统生物学数据的模型上下文协议（MCP）服务器。它借助 Reactome 的 API 数据，提供了一系列工具来探索生物通路和相关信息。
由 增强自然 开发 - 推动人工智能助力科学发现
✨ 主要特性
已验证的功能
所有 8 个工具均可使用实时的 Reactome API 数据：
- 🔍 通路搜索 - 按名称、过程、关键词搜索生物通路
- 📊 通路详情 - 提供全面的通路信息和组成部分
- 🧬 基因到通路 - 查找包含特定基因/蛋白质的通路
- 🦠 疾病通路 - 与疾病相关的生物机制
- 🌲 通路层次结构 - 显示父/子关系和通路结构
- 🧪 通路参与者 - 列出参与通路的所有分子
- ⚗️ 生化反应 - 提供详细的反应信息
- 🔗 蛋白质相互作用 - 展示通路内的分子相互作用
🚀 快速开始
# 安装并构建
npm install
npm run build
# 运行服务器
node build/index.js
📦 安装指南
Claude 桌面端配置
{
"mcpServers": {
"reactome-server": {
"command": "node",
"args": ["/path/to/reactome-server/build/index.js"]
}
}
}
其他 MCP 客户端
node /path/to/reactome-server/build/index.js
💻 使用示例
基础用法
🔍 search_pathways
按名称、描述或关键词搜索生物通路
{
"name": "search_pathways",
"arguments": {
"query": "cell cycle", // 通路名称、过程或关键词
"type": "pathway", // 可选: pathway, reaction, protein, complex, disease
"size": 20 // 可选: 1 - 100 个结果 (默认: 20)
}
}
示例结果：
- Cell Cycle (R-HSA-1640170) - 细胞周期进展和调控
- Cell Cycle Checkpoints (R-HSA-69620) - 质量控制机制
- Mitotic G1-G1/S phases (R-HSA-453279) - G1 期进展
高级用法
系统生物学工作流示例
# 1. 搜索 DNA 修复通路
{"name": "search_pathways", "arguments": {"query": "DNA repair", "size": 10}}
# 2. 获取详细的通路信息
{"name": "get_pathway_details", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}
# 3. 查找包含 BRCA1 的所有通路
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "BRCA1"}}
# 4. 获取通路参与者
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}
疾病机制研究示例
# 1. 搜索与癌症相关的通路
{"name": "find_pathways_by_disease", "arguments": {"disease": "cancer", "size": 15}}
# 2. 获取致癌信号通路的层次结构
{"name": "get_pathway_hierarchy", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}
# 3. 分析生化反应
{"name": "get_pathway_reactions", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}
药物发现流程示例
# 1. 查找药物靶点的通路
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "EGFR"}}
# 2. 获取通路中的蛋白质相互作用
{"name": "get_protein_interactions", "arguments": {"pathwayId": "R-HSA-177929"}}
# 3. 分析通路参与者
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-177929"}}
📚 详细文档
资源模板
可通过标准化的 URI 访问 Reactome 数据：
reactome://pathway/{id}- 完整的通路信息reactome://reaction/{id}- 详细的反应信息reactome://protein/{id}- 蛋白质详情和关联信息reactome://disease/{id}- 与疾病相关的通路reactome://search/{query}- 搜索结果
🔧 技术细节
数据覆盖范围
Reactome 提供以下方面的精心策划数据：
- 25,000 + 个反应，涵盖所有主要的生物过程
- 14,000 + 种蛋白质，带有详细的功能注释
- 2,500 + 条通路，覆盖细胞和分子过程
- 20 + 个物种，包括人类、小鼠、大鼠和模式生物
- 交叉引用，涉及 UniProt、ChEMBL、Ensembl 等数据库
关键生物领域
- 信号转导通路
- 代谢过程和网络
- 基因调控和表达
- 细胞周期和 DNA 修复
- 免疫系统反应
- 疾病机制和药物作用
- 发育生物学过程
架构
- TypeScript 实现，具有强大的类型安全性
- Reactome 内容服务 API，用于高效的数据检索
- MCP 协议 兼容的 JSON - RPC 通信
- 错误处理，具备全面的验证机制
- 生产就绪，有 30 秒超时设置和适当的日志记录
📄 API 文档
- 基础 URL：
https://reactome.org/ContentService - 版本：Reactome v79（最新）
- 速率限制：对研究使用较为宽松
- 认证：无需认证
- 格式：REST API，返回 JSON 响应
🤝 贡献指南
- 分叉仓库
- 进行更改
- 提交拉取请求
📄 许可证
引用说明
如果您在研究或出版物中使用此项目，请按以下方式引用：
@misc{reactomemcp2025,
author = {Moudather Chelbi},
title = {Reactome MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/Reactome-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}