🚀 非官方基因本体论MCP服务器
这是一个全面的模型上下文协议（MCP）服务器，用于访问基因本体论（GO）数据，能让人工智能系统进行基于本体的分析、基因注释研究和功能富集研究。
🚀 快速开始
本服务器可助力AI系统进行基于基因本体论的各类研究，使用前请完成安装步骤，然后根据需求配置客户端并调用相应工具。
✨ 主要特性
- 术语搜索与查询：可通过关键词、名称或定义搜索基因本体论术语。
- 本体导航：探索术语之间的层次关系。
- 基因注释：获取基因和蛋白质的基因本体论注释。
- 验证功能：验证基因本体论标识符，并检查术语是否存在。
- 统计信息：获取全面的本体统计数据和元数据。
📦 安装指南
npm install
npm run build
💻 使用示例
作为MCP服务器使用
将以下内容添加到你的MCP客户端配置中：
{
"mcpServers": {
"go-server": {
"command": "node",
"args": ["/path/to/go-server/build/index.js"]
}
}
}
可用工具
search_go_terms
通过关键词、名称或定义搜索基因本体论术语。
{
"query": "apoptosis",
"ontology": "biological_process",
"size": 10
}
get_go_term
获取特定基因本体论术语的详细信息。
{
"id": "GO:0006915"
}
validate_go_id
验证基因本体论标识符的格式，并检查术语是否存在。
{
"id": "GO:0008150"
}
get_ontology_stats
获取有关基因本体论的统计信息（术语数量、最近更新情况）。
{
"ontology": "all"
}
资源模板
go://term/{id}- 完整的基因本体论术语信息go://annotations/{gene}- 基因注释go://search/{query}- 搜索结果go://hierarchy/{id}- 术语层次关系
基础用法
搜索与凋亡相关的术语
# 使用search_go_terms工具
{
"query": "apoptosis",
"ontology": "biological_process",
"size": 5,
"include_obsolete": false
}
获取基因本体论术语的详细信息
# 使用get_go_term工具
{
"id": "GO:0006915"
}
验证基因本体论标识符
# 使用validate_go_id工具
{
"id": "GO:0008150"
}
📚 详细文档
数据源
本服务器集成了以下数据源：
- QuickGO API (https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/) - 主要数据源
- GO Consortium (https://geneontology.org/) - 官方基因本体论
- AmiGO (http://amigo.geneontology.org/) - 额外的浏览界面
错误处理
服务器包含全面的错误处理机制，可处理以下情况：
- 无效的基因本体论标识符
- 缺失的术语
- API超时
- 网络错误
- 格式错误的请求
贡献代码
- Fork此仓库。
- 创建一个功能分支。
- 进行修改。
- 如有必要，添加测试。
- 提交拉取请求。
引用方式
如果您在研究或出版物中使用了本项目，请按以下方式引用：
@misc{geneontologymcp2025,
author = {Moudather Chelbi},
title = {GeneOntology MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/GeneOntology-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}