🚀 非官方Open Targets MCP服务器 🧬
这是一个非官方的模型上下文协议（MCP）服务器，用于访问Open Targets平台数据，以开展基因 - 药物 - 疾病关联研究。
由 增强自然 开发
✨ 主要特性
所有6个工具均可使用实时的Open Targets API数据：
- 🎯 靶点搜索 - 基因符号、名称、描述（如BRCA1、TP53等）
- 🦠 疾病搜索 - 名称、同义词、描述（如癌症、糖尿病等）
- 🔗 靶点 - 疾病关联 - 来自20多个数据库的证据评分
- 📊 疾病靶点总结 - 优先排序的治疗靶点
- 🧬 靶点详情 - 全面的基因/蛋白质信息
- 🎭 疾病详情 - 包含本体论的完整疾病概况
🚀 快速开始
# 安装并构建
npm install
npm run build
# 运行服务器
node build/index.js
📦 安装指南
Claude桌面版配置
{
"mcpServers": {
"opentargets-server": {
"command": "node",
"args": ["/path/to/opentargets-server/build/index.js"]
}
}
}
其他MCP客户端
node /path/to/opentargets-server/build/index.js
💻 使用示例
基础用法
可用工具示例
🎯 search_targets
按基因符号、名称或描述搜索治疗靶点
{
"name": "search_targets",
"arguments": {
"query": "BRCA1", // 基因符号、名称或描述
"size": 10 // 可选：1 - 500条结果（默认：25）
}
}
示例结果：
- BRCA1 (ENSG00000012048) - BRCA1 DNA修复相关
- BRCA2 (ENSG00000139618) - BRCA2 DNA修复相关
- BRIP1 (ENSG00000136492) - BRCA1相互作用DNA解旋酶1
🦠 search_diseases
按名称、同义词或描述搜索疾病
{
"name": "search_diseases",
"arguments": {
"query": "breast cancer", // 疾病名称、同义词或描述
"size": 10 // 可选：1 - 500条结果（默认：25）
}
}
🔗 get_target_disease_associations
获取靶点 - 疾病关联及证据评分
{
"name": "get_target_disease_associations",
"arguments": {
"targetId": "ENSG00000012048", // 靶点Ensembl ID
"size": 10 // 可选：1 - 500条结果
}
}
或者
{
"name": "get_target_disease_associations",
"arguments": {
"diseaseId": "EFO_0000305", // 疾病EFO ID
"size": 10 // 可选：1 - 500条结果
}
}
📊 get_disease_targets_summary
获取与疾病相关的优先排序靶点
{
"name": "get_disease_targets_summary",
"arguments": {
"diseaseId": "EFO_0000305", // 疾病EFO ID（必需）
"size": 20 // 可选：1 - 500个靶点（默认：50）
}
}
🧬 get_target_details
获取全面的靶点信息
{
"name": "get_target_details",
"arguments": {
"id": "ENSG00000012048" // 靶点Ensembl基因ID
}
}
🎭 get_disease_details
获取全面的疾病信息
{
"name": "get_disease_details",
"arguments": {
"id": "EFO_0000305" // 疾病EFO ID
}
}
高级用法
实际应用示例
癌症研究工作流
# 1. 搜索与癌症相关的靶点
{"name": "search_targets", "arguments": {"query": "oncogene", "size": 10}}
# 2. 获取特定靶点的详细信息
{"name": "get_target_details", "arguments": {"id": "ENSG00000012048"}}
# 3. 查找与BRCA1相关的所有疾病
{"name": "get_target_disease_associations", "arguments": {"targetId": "ENSG00000012048"}}
# 4. 获取乳腺癌的顶级靶点
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000305", "size": 20}}
药物发现流程
# 1. 搜索阿尔茨海默病
{"name": "search_diseases", "arguments": {"query": "Alzheimer", "size": 5}}
# 2. 获取疾病详情
{"name": "get_disease_details", "arguments": {"id": "EFO_0000249"}}
# 3. 查找优先排序的治疗靶点
{"name": "get_disease_targets_summary", "arguments": {"diseaseId": "EFO_0000249", "size": 30}}
📚 详细文档
资源模板
通过标准化的URI访问Open Targets数据：
opentargets://target/{ensemblId}- 完整的靶点信息opentargets://disease/{efoId}- 完整的疾病信息opentargets://drug/{chemblId}- 药物信息opentargets://association/{targetId}/{diseaseId}- 关联证据opentargets://search/{query}- 搜索结果
🔧 技术细节
数据源与标准
Open Targets整合了20多个数据库：
- ChEMBL - 药物与化合物数据
- Ensembl - 基因与蛋白质注释
- EFO - 实验因素本体论
- ClinVar - 临床变异数据
- GWAS Catalog - 全基因组关联研究
- UniProt - 蛋白质序列与功能
- Reactome - 生物途径
- 还有更多...
标准化标识符：
- 靶点：Ensembl基因ID（如ENSG00000012048）
- 疾病：EFO ID（如EFO_0000305）
- 药物：ChEMBL ID（如CHEMBL1234）
架构
- 使用TypeScript实现，具备强大的类型安全性
- 使用GraphQL查询，实现高效的数据检索
- 符合MCP协议的JSON - RPC通信
- 具备全面验证的错误处理机制
- 具备生产就绪能力，有30秒超时设置和适当的日志记录
📄 许可证
API信息
- 基础URL：
https://api.platform.opentargets.org/api/v4/graphql - 版本：Open Targets v25.0.1
- 速率限制：研究使用限制宽松
- 认证：无需认证
- 格式：GraphQL查询，JSON响应
🤝 贡献说明
本服务器由 增强自然 开发和维护。若要进行功能增强：
- 分叉仓库
- 进行更改
- 提交拉取请求
支持
若遇到以下问题：
- MCP服务器：检查服务器日志和错误输出
- Open Targets API：访问 platform.opentargets.org
- GraphQL查询：使用 Open Targets GraphQL浏览器
引用
如果您在研究或出版物中使用了本项目，请按以下方式引用：
@misc{opentargetsmcp2025,
author = {Moudather Chelbi},
title = {OpenTargets MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/OpenTargets-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}