🚀 非官方 Reactome MCP 服务器 🧬
这是一个用于访问 Reactome 通路和系统生物学数据的模型上下文协议（MCP）服务器。它能帮助用户高效地获取和分析生物通路相关信息。
由 增强自然（Augmented Nature） 开发，该机构致力于推动人工智能在科学发现领域的应用。
✨ 主要特性
所有 8 个工具均可使用实时的 Reactome API 数据：
- 🔍 通路搜索 - 按名称、过程、关键词搜索生物通路
- 📊 通路详情 - 获取全面的通路信息和组成部分
- 🧬 基因到通路 - 查找包含特定基因/蛋白质的通路
- 🦠 疾病通路 - 了解与疾病相关的生物机制
- 🌲 通路层级结构 - 查看父/子关系和通路结构
- 🧪 通路参与者 - 获取参与通路的所有分子
- ⚗️ 生化反应 - 获得详细的反应信息
- 🔗 蛋白质相互作用 - 了解通路内的分子相互作用
🚀 快速开始
# 安装并构建
npm install
npm run build
# 运行服务器
node build/index.js
📦 安装指南
MCP 客户端配置
Claude 桌面端
{
"mcpServers": {
"reactome-server": {
"command": "node",
"args": ["/path/to/reactome-server/build/index.js"]
}
}
}
其他 MCP 客户端
node /path/to/reactome-server/build/index.js
💻 使用示例
基础用法
系统生物学工作流
# 1. 搜索 DNA 修复通路
{"name": "search_pathways", "arguments": {"query": "DNA repair", "size": 10}}
# 2. 获取详细的通路信息
{"name": "get_pathway_details", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}
# 3. 查找包含 BRCA1 的所有通路
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "BRCA1"}}
# 4. 获取通路参与者
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-5696394"}}
疾病机制研究
# 1. 搜索与癌症相关的通路
{"name": "find_pathways_by_disease", "arguments": {"disease": "cancer", "size": 15}}
# 2. 获取致癌信号通路的层级结构
{"name": "get_pathway_hierarchy", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}
# 3. 分析生化反应
{"name": "get_pathway_reactions", "arguments": {"id": "R-HSA-5637815"}}
药物发现流程
# 1. 查找药物靶点的通路
{"name": "find_pathways_by_gene", "arguments": {"gene": "EGFR"}}
# 2. 获取通路中的蛋白质相互作用
{"name": "get_protein_interactions", "arguments": {"pathwayId": "R-HSA-177929"}}
# 3. 分析通路参与者
{"name": "get_pathway_participants", "arguments": {"id": "R-HSA-177929"}}
高级用法
本服务器提供了多个工具，以下是各工具的使用示例：
🔍 search_pathways
按名称、描述或关键词搜索生物通路
{
"name": "search_pathways",
"arguments": {
"query": "cell cycle", // 通路名称、过程或关键词
"type": "pathway", // 可选：pathway, reaction, protein, complex, disease
"size": 20 // 可选：1 - 100 个结果（默认：20）
}
}
示例结果：
- Cell Cycle (R-HSA-1640170) - 细胞周期进程和调控
- Cell Cycle Checkpoints (R-HSA-69620) - 质量控制机制
- Mitotic G1-G1/S phases (R-HSA-453279) - G1 期进程
📊 get_pathway_details
获取特定通路的全面信息
{
"name": "get_pathway_details",
"arguments": {
"id": "R-HSA-1640170" // Reactome 通路稳定标识符
}
}
🧬 find_pathways_by_gene
查找包含特定基因或蛋白质的所有通路
{
"name": "find_pathways_by_gene",
"arguments": {
"gene": "BRCA1", // 基因符号或 UniProt ID
"species": "Homo sapiens" // 可选：物种（默认：Homo sapiens）
}
}
🦠 find_pathways_by_disease
查找与疾病相关的通路和机制
{
"name": "find_pathways_by_disease",
"arguments": {
"disease": "cancer", // 疾病名称或 DOID 标识符
"size": 25 // 可选：1 - 100 个通路（默认：25）
}
}
🌲 get_pathway_hierarchy
获取层级结构和父/子关系
{
"name": "get_pathway_hierarchy",
"arguments": {
"id": "R-HSA-1640170" // Reactome 通路稳定标识符
}
}
🧪 get_pathway_participants
获取通路中的所有分子（蛋白质、基因、化合物）
{
"name": "get_pathway_participants",
"arguments": {
"id": "R-HSA-1640170" // Reactome 通路稳定标识符
}
}
⚗️ get_pathway_reactions
获取通路内的所有生化反应
{
"name": "get_pathway_reactions",
"arguments": {
"id": "R-HSA-1640170" // Reactome 通路稳定标识符
}
}
🔗 get_protein_interactions
获取通路内的蛋白质 - 蛋白质相互作用
{
"name": "get_protein_interactions",
"arguments": {
"pathwayId": "R-HSA-1640170", // Reactome 通路稳定标识符
"interactionType": "all" // 可选：protein-protein, regulatory, catalysis, all
}
}
📚 详细文档
资源模板
可通过标准化的 URI 访问 Reactome 数据：
reactome://pathway/{id}- 完整的通路信息reactome://reaction/{id}- 详细的反应信息reactome://protein/{id}- 蛋白质详情和关联信息reactome://disease/{id}- 与疾病相关的通路reactome://search/{query}- 搜索结果
数据覆盖范围
Reactome 提供以下方面的整理数据：
- 25,000 + 个反应，涵盖所有主要生物过程
- 14,000 + 个蛋白质，带有详细的功能注释
- 2,500 + 个通路，覆盖细胞和分子过程
- 20 + 个物种，包括人类、小鼠、大鼠和模式生物
- 交叉引用到 UniProt、ChEMBL、Ensembl 等数据库
关键生物领域：
- 信号转导通路
- 代谢过程和网络
- 基因调控和表达
- 细胞周期和 DNA 修复
- 免疫系统反应
- 疾病机制和药物作用
- 发育生物学过程
架构
- TypeScript 实现，具有强大的类型安全性
- Reactome 内容服务 API，用于高效的数据检索
- MCP 协议 兼容的 JSON - RPC 通信
- 错误处理，具备全面的验证机制
- 生产就绪，有 30 秒超时设置和适当的日志记录
API 信息
- 基础 URL：
https://reactome.org/ContentService - 版本：Reactome v79（最新）
- 速率限制：对研究使用较为宽松
- 认证：无需认证
- 格式：具有 JSON 响应的 REST API
🔧 技术细节
本项目采用 TypeScript 实现，利用 Reactome Content Service API 进行数据检索，通过 MCP 协议实现 JSON - RPC 通信。同时，具备完善的错误处理机制和验证功能，确保在生产环境中稳定运行。代码中设置了 30 秒的超时时间，并进行了适当的日志记录，方便后续的维护和问题排查。
🤝 贡献指南
- 分叉（Fork）仓库
- 进行修改
- 提交拉取请求（Pull Request）
📄 许可证
文档中未提及许可证相关信息。
引用
如果您在研究或出版物中使用了本项目，请按以下方式引用：
@misc{reactomemcp2025,
author = {Moudather Chelbi},
title = {Reactome MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/Reactome-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}
}