🚀 PyMOL - MCP：将PyMOL与Claude AI集成
PyMOL - MCP借助Model Context Protocol (MCP)把PyMOL与Claude AI连接起来，让Claude能够直接对PyMOL进行控制和操作。这种强大的集成使得利用自然语言开展结构生物学、分子可视化和分析工作成为可能。
https://github.com/user-attachments/assets/687f43dc-d45e-477e-ac2b-7438e175cb36
✨ 主要特性
- 双向通信：通过基于套接字的服务器将Claude AI连接到PyMOL。
- 智能命令解析：运用自然语言处理技术处理PyMOL命令。
- 分子可视化控制：可操作分子的表示方式、颜色和视图。
- 结构分析：能够执行测量、对齐等其他分析操作。
- 代码执行：可在Claude中运行任意Python代码来控制PyMOL。
📦 安装指南
先决条件
- 系统上已安装PyMOL。
- 已安装Claude for Desktop。
- 安装了Python 3.10或更高版本。
- 安装了Git。
第一步：安装UV包管理器
在macOS上：
brew install uv
在Windows上：
powershell -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
set Path=C:\Users\[YourUsername]\.local\bin;%Path%
对于其他平台，请访问UV安装指南。
第二步：克隆仓库
git clone https://github.com/vrtejus/pymol-mcp
cd pymol-mcp
第三步：设置环境
创建并激活Python虚拟环境：
python -m venv venv
在macOS/Linux上：
source venv/bin/activate
在Windows上：
venv\Scripts\activate
第四步：安装依赖项
激活虚拟环境后：
pip install mcp
第五步：配置Claude Desktop
- 打开Claude Desktop。
- 转到Claude > 设置 > 开发人员 > 编辑配置。
- 这将打开
claude_desktop_config.json文件。 - 添加MCP服务器配置：
{
"mcpServers": {
"pymol": {
"command": "[您系统的实际完整路径]",
"args": ["[PyMOL_MCP_Server.py的实际完整路径]"]
}
}
}
例如：
{
"mcpServers": {
"pymol": {
"command": "/Users/username/pymol-mcp/venv/bin/python",
"args": ["/Users/username/pymol-mcp/pymol_mcp_server.py"]
}
}
}
⚠️ 重要提示
使用您系统的实际完整路径。在Windows上，使用正斜杠(/)而不是反斜杠。
第六步：安装PyMOL插件
- 打开PyMOL。
- 转到Plug - in → Plug - in Manager。
- 点击“Install New Plugin”标签。
- 选择“Choose file...”，导航到克隆的仓库。
- 选择
pymol-mcp-socket-plugin/__init__.py文件。 - 点击“打开”以安装插件。
💻 使用示例
启动PyMOL时加载插件
在PyMOL启动时自动加载插件，将以下行添加到~/.pymolrc文件：
load_plugin /path/to/pymol-mcp-socket-plugin/pymol_mcp_plugin.so
🤝 项目贡献
欢迎贡献！请随意提交Pull Request。
📄 许可证
本项目根据MIT License授权，详情请参阅LICENSE文件。