🚀 分子可视化工具文档
本工具致力于为常见分子提供可视化支持，具备分子结构分析与化学计算功能。用户可借助命令行接口与服务器交互，实现分子图像生成、属性查询以及数据库访问。
🚀 快速开始
本工具可帮助用户轻松实现分子的可视化、属性查询等功能。通过命令行接口，用户能方便地与服务器交互，获取所需信息。
✨ 主要特性
- 提供分子结构可视化支持。
- 集成常见分子数据库。
- 具备化学属性计算工具。
- 支持新增分子类型。
- 可扩展化学分析算法。
- 维护统一的日志系统。
📦 安装指南
项目依赖
项目所需的第三方库已明确列于 requirements.txt 文件中：
mcp[cli]>=0.1.0
rdkit>=2023.3.1
pillow>=10.0.0
建议使用 Python 3.8 或更高版本进行安装和运行。
运行服务器
要启动分子可视化服务器，请执行以下命令：
python molecule_server.py
💻 使用示例
基础用法
工具接口
- 显示分子结构
visualize_molecule --query <分子名称或SMILES字符串>
- 导出为Base64编码图像
visualize_molecule_base64 --query <分子名称或SMILES字符串>
- 获取分子属性信息
get_molecule_properties --query <分子名称或SMILES字符串>
- 列出所有支持的分子
list_common_molecules
- 获取特定分子的SMILES编码
get_smiles_for --name <分子名称>
资源接口
- 获取分子基本信息
molecule://{name}/info
- 获取分子结构数据
molecule://{name}/structure
- 查看分子属性
molecule://{name}/properties
高级用法
示例1：可视化 aspirin 分子
from mcp import ClientSession, StdioServerParameters
from mcp.client.stdio import stdio_client
async def visualize_aspirin():
server_params = StdioServerParameters(
command="python",
args=["aspirin_visualizer.py"],
env=None
)
async with stdio_client(server_params) as (stdin, stdout):
client = ClientSession(stdin, stdout)
await client.initialize()
# 调用可视化工具
result = await client.call_tool("visualize_molecule", {"query": "aspirin"})
# 保存图像文件
with open("aspirin_visualization.png", "wb") as f:
f.write(result.content[0].image.data)
示例2：获取咖啡因的分子属性
async def get_caffeine_properties():
server_params = StdioServerParameters(
command="python",
args=["caffeine_analyzer.py"],
env=None
)
async with stdio_client(server_params) as (stdin, stdout):
client = ClientSession(stdin, stdout)
await client.initialize()
# 查询分子属性
result = await client.call_tool("get_molecule_properties", {"query": "caffeine"})
print(result.content[0].text)
📚 详细文档
项目需求
功能需求
- 核心功能：分子结构可视化支持、常见分子数据库集成、化学属性计算工具。
- 可扩展性要求：支持新增分子类型、扩展化学分析算法、维护统一的日志系统。
- 性能指标：分子渲染效率要求单个分子渲染时间不超过 5 秒；数据库查询响应平均响应时间小于 200 毫秒；并发处理能力支持同时处理至少 10 个客户端请求。
相关链接
📄 许可证
本项目遵循 MIT 许可证，具体条款请参考 LICENSE 文件。
👨💻 项目维护者
- 张三
- 李四
🌟 贡献指南
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