SureChEMBL MCP Server

搜索 TypeScript

🚀 非官方 SureChEMBL MCP 服务器

SureChEMBL MCP 服务器是一个全面的模型上下文协议（MCP）服务器，用于访问 SureChEMBL 化学专利数据库。该服务器提供了专利搜索、化学发现、结构分析和专利情报研究等工具，帮助用户高效处理化学专利相关信息。

开发者：Augmented Nature

🚀 快速开始

SureChEMBL 是一个大规模的化学专利数据库，可提供化学结构及其相关专利文档的访问服务。此 MCP 服务器能够与 SureChEMBL 的 API 实现无缝集成，提供以下强大功能：

专利情报：搜索和分析化学专利。
化学发现：查找化合物及其专利覆盖范围。
现有技术研究：识别现有的化学披露信息。
竞争分析：跟踪各公司的化学发展动态。
构效分析：将化学结构与专利权利要求进行关联。

✨ 主要特性

🔍 文档与专利搜索（4 种工具）

search_patents：通过文本、关键词或标识符搜索专利。
get_document_content：获取带有化学注释的完整专利文档内容。
get_patent_family：获取专利家族成员及其关系。
search_by_patent_number：通过特定的专利号搜索专利。

🧪 化学物质搜索与检索（4 种工具）

search_chemicals_by_name：通过名称或同义词搜索化学物质。
get_chemical_by_id：通过 SureChEMBL ID 获取详细的化学物质信息。
search_by_smiles：通过 SMILES 结构表示法搜索化学物质。
search_by_inchi：通过 InChI/InChI 键搜索化学物质。

🖼️ 结构与可视化（2 种工具）

get_chemical_image：生成化学结构图像。
get_chemical_properties：获取分子性质和描述符。

📊 数据导出与分析（2 种工具）

export_chemicals：批量导出化学数据（CSV/XML 格式）。
analyze_patent_chemistry：分析专利中的化学内容。

🔬 高级分析工具（3 种工具）

get_chemical_frequency：获取化学物质在整个专利数据库中的频率统计信息。
search_similar_structures：使用相似度搜索查找结构相似的化学物质。
get_patent_statistics：获取专利中化学内容的统计概述。

📚 资源模板

surechembl://document/{doc_id}：专利文档内容。
surechembl://chemical/{chem_id}：化合物数据。
surechembl://family/{patent_id}：专利家族信息。
surechembl://search/{query}：搜索结果。

📦 安装指南

前提条件

Node.js 18+
npm 或 yarn

安装依赖

npm install

构建服务器

npm run build

开发模式

npm run watch

💻 使用示例

启动服务器

npm start

在 Claude Desktop 中使用

将以下内容添加到你的 Claude Desktop 配置文件中： macOS：~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json Windows：%APPDATA%/Claude/claude_desktop_config.json

{
"mcpServers": {
"surechembl-server": {
"command": "node",
"args": ["/path/to/surechembl-server/build/index.js"]
}
}
}

在 MCP Inspector 中使用

npm run inspector

基础用法

// 搜索与阿司匹林相关的化合物
await use_mcp_tool({
server_name: "surechembl-server",
tool_name: "search_chemicals_by_name",
arguments: {
name: "aspirin",
limit: 10,
},
});

高级用法

// 获取带有化学注释的完整专利文档
await use_mcp_tool({
server_name: "surechembl-server",
tool_name: "get_document_content",
arguments: {
document_id: "WO-2020096695-A1",
},
});

// 从 SMILES 生成化学结构图像
await use_mcp_tool({
server_name: "surechembl-server",
tool_name: "get_chemical_image",
arguments: {
structure: "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O",
width: 300,
height: 200,
},
});

// 分析专利中的化学注释
await use_mcp_tool({
server_name: "surechembl-server",
tool_name: "analyze_patent_chemistry",
arguments: {
document_id: "US-2021123456-A1",
},
});

📚 详细文档

工具参考

文档与专利搜索

`search_patents`

通过文本、关键词或标识符搜索专利。参数：

query（字符串，必填）：搜索查询内容。
limit（数字，可选）：结果限制（1 - 1000，默认值：25）。
offset（数字，可选）：结果偏移量（默认值：0）。

`get_document_content`

获取带有化学注释的完整专利文档内容。参数：

document_id（字符串，必填）：专利文档 ID（例如，WO - 2020096695 - A1）。

`get_patent_family`

获取专利家族成员及其关系。参数：

patent_id（字符串，必填）：用于查找家族成员的专利 ID。

`search_by_patent_number`

通过特定的专利号搜索专利。参数：

patent_number（字符串，必填）：专利号或公开号。

化学物质搜索与检索

`search_chemicals_by_name`

通过名称、同义词或通用名搜索化学物质。参数：

name（字符串，必填）：化学物质名称或同义词。
limit（数字，可选）：结果限制（1 - 1000，默认值：25）。

`get_chemical_by_id`

通过 SureChEMBL 化学物质 ID 获取详细的化学物质信息。参数：

chemical_id（字符串，必填）：SureChEMBL 化学物质 ID（数字）。

`search_by_smiles`

通过 SMILES 结构表示法搜索化学物质。参数：

smiles（字符串，必填）：SMILES 字符串。
limit（数字，可选）：结果限制（1 - 1000，默认值：25）。

`search_by_inchi`

通过 InChI 或 InChI 键搜索化学物质。参数：

inchi（字符串，必填）：InChI 字符串或 InChI 键。
limit（数字，可选）：结果限制（1 - 1000，默认值：25）。

结构与可视化

`get_chemical_image`

从 SMILES 或其他结构表示法生成化学结构图像。参数：

structure（字符串，必填）：SMILES 字符串或结构表示法。
height（数字，可选）：图像高度（像素，默认值：200）。
width（数字，可选）：图像宽度（像素，默认值：200）。

`get_chemical_properties`

获取化学物质的分子性质和描述符。参数：

chemical_id（字符串，必填）：SureChEMBL 化学物质 ID。

数据导出与分析

`export_chemicals`

以 CSV 或 XML 格式批量导出化学数据。参数：

chemical_ids（数组，必填）：SureChEMBL 化学物质 ID 数组（1 - 100）。
output_type（字符串，可选）：导出格式 - 'csv' 或 'xml'（默认值：csv）。
kind（字符串，可选）：ID 类型 - 'cid' 或 'smiles'（默认值：cid）。

`analyze_patent_chemistry`

分析专利文档中的化学内容和注释。参数：

document_id（字符串，必填）：要分析的专利文档 ID。

高级分析工具

`get_chemical_frequency`

获取化学物质在整个专利数据库中的频率统计信息。参数：

chemical_id（字符串，必填）：SureChEMBL 化学物质 ID。

`search_similar_structures`

使用相似度搜索查找结构相似的化学物质。参数：

reference_id（字符串，必填）：用于相似度搜索的参考化学物质 ID。
threshold（数字，可选）：相似度阈值（0.0 - 1.0，默认值：0.7）。
limit（数字，可选）：返回的结果数量（1 - 100，默认值：25）。

`get_patent_statistics`

获取专利中化学内容的统计概述。参数：

document_id（字符串，必填）：用于统计的专利文档 ID。
include_annotations（布尔值，可选）：包括详细的注释统计信息（默认值：true）。

资源模板

文档资源

surechembl://document/{doc_id}

访问带有化学注释的完整专利文档内容。

化学物质资源

surechembl://chemical/{chem_id}

访问化合物信息和性质。

专利家族资源

surechembl://family/{patent_id}

访问专利家族成员及其关系。

搜索资源

surechembl://search/{query}

访问针对某个查询的化学搜索结果。

🔧 技术细节

错误处理

服务器具备全面的错误处理机制，可处理以下情况：

无效的 API 参数。
网络超时和连接问题。
API 速率限制。
格式错误的化学结构。
缺失的文档或化学物质。

所有错误都会返回描述性消息和适当的错误代码。

速率限制

服务器遵循 SureChEMBL 的 API 速率限制：

复杂请求的 30 秒超时设置。
合理的请求间隔。
针对临时故障的自动重试逻辑。

开发

项目结构

surechembl-server/
├── src/
│   └── index.ts          # 主服务器实现
├── build/                # 编译后的 JavaScript
├── package.json          # 依赖项和脚本
├── tsconfig.json         # TypeScript 配置
└── README.md            # 本文件

可用脚本

npm run build：将 TypeScript 编译为 JavaScript。
npm run watch：开发时的监听模式。
npm run inspector：运行 MCP 检查器。
npm start：启动服务器。
npm run dev：带监听功能的开发模式。

贡献代码

分叉仓库。
创建功能分支。
进行修改。
如有必要，添加测试。
提交拉取请求。

📄 许可证

本项目采用 MIT 许可证，详情请参阅 LICENSE 文件。

支持

如有问题或疑问，请参考以下渠道：

GitHub 问题：报告错误和提出功能请求
文档：SureChEMBL API 文档

引用

如果您在研究或出版物中使用了本项目，请按以下方式引用：

@misc{surechemblmcp2025,
author = {Moudather Chelbi},
title = {SureChEMBL MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/SureChEMBL-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}

SureChEMBL MCP 服务器 - 通过模型上下文协议助力化学专利情报工作。

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